搜索序列数据库中的同源序列
使用 profile 隐马尔可夫模型在序列数据库中查找同源序列。
HMMER
使用 profile 隐马尔可夫模型分析生物序列HMMER 用于在序列数据库中搜索同源序列并制作序列比对。它基于 profile 隐马尔可夫模型，既支持以 profile 搜索，也支持直接使用查询序列，能够通过 phmmer 搜索蛋白质序列，并通过 jackhmmer 进行迭代搜索。
- v3.4
- 页面标示的最新版本
- 2
- 页面列出的主要查询方式：phmmer 与 jackhmmer
面向同源检测的序列分析工具
HMMER 将概率模型用于生物序列分析，支持本地命令行使用和在线数据库检索。
基于 profile HMM 进行分析
通过概率模型表示序列家族并开展生物序列分析。
支持查询序列搜索
HMMER 不仅支持 profile，也可以直接使用查询序列进行搜索。
执行蛋白质序列搜索
使用 phmmer 将蛋白质查询序列与数据库进行搜索。
进行迭代搜索
使用 jackhmmer 对查询序列执行迭代式搜索。
本地命令行安装
可下载并安装为命令行工具，在自有硬件上运行。
版本与公开信息
来源页面提供 HMMER 最新版本、下载入口及相关公开讨论渠道。
HMMER v3.4 可用
官网页面将 v3.4 标示为最新版本，并提供源代码下载入口。
下载、文档与在线搜索
通过官方页面获取软件、用户指南和在线搜索服务入口。
从这里开始使用HMMER。
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